「必殺仕事人」のスペシャル版。幕閣を影で操る闇の支配者が、仕事人たちを利用しようと企む。「せんとりつが誘拐され、主水に「老中・脇坂を殺さなければ人質の命はない」と脅迫文が届く。主水は仕事人仲間のお涼に助っ人を頼みにいくが、その頃、別の仕事人のおちか達は、脇坂と筆頭老中の座を争っている綾部の暗殺に失敗していた…。幕閣の権力争いに巻き込まれた主水が、新たな仕事人仲間とともに江戸政界の黒幕に立ち向かう。